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PubMed数据库检索系统及相关检索方法
发布时间:2014-08-20 16:13:34  浏览次数:0

        PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统,位于美国国立卫生研究院(NIH)的平台上。该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的自1950年以来全世界70多个国家4300多种主要生物医学文献的书目索引和摘要,并提供部分免费和付费全文链接服务。PubMed提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其它相关数据库接入服务,MEDLINE是一个拥有1亿字条以上的巨大数据库。PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据等。本文拟概述PubMed系统的特点、功能及相关的检索方法。
        1PubMed系统的主要特点
        1.1词汇自动转换功能(automatic term mapping)PubMed主页的检索提问框中键入检索词,系统将按顺序使用如下4种表达或索引,对检索词进行转换后再检索。
        1.2MeSH转换表(MeSH Translation Table)包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词,就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词(题名词和文摘词)进行检索。
        1.3刊名转换表(Journal Tanslation Table)包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的
        刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal Nanme]”后进行检索。如:在检索提问框中键入:“newe ngland journal of medicine”,PubMed将其转换为“NEng1JMed[JournalName]”后进行检索。
        1.4短语表(Phrase list)该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统(UMLS:Unified Medical Language System)和补充概念(物质)名称表[Supplementary Concept(Substance)Namd]。如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词,就会查找短词表。
        2强制检索功能
        在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“Go”,系统会高速用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索;但是,当键入的词语无匹配词时,PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程,若仍然没有匹配词,系统就将短语分解成单词,再用AND联在一起全部字段中检索。很明显,这样检索的结果是不符合用户要求的。因此,PubMed允许使用双引号(“”)来强制系统进行短语检索。例如,在PubMed主页的检索提问框中键入“liver cancer operation”,并用双引号引起来,然后点击“go”,系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。使用双引号检索,会自动关闭词汇转换功能。
        3链接功能
        3.1链接相关文献PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接,在检索结果的显示状态下,每条记录的右边均有与检索主题内容密切相关的超链。点击该链,系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。
        3.2链接外部资源PubMed提供从检索结果到期刊全文、生物学数据、序列中心等的链接。该功能通过链接上述资源 站点的方式来实现。在检索结果显示状态下,点击“Linkout”进入相关网站
        4主要检索方法
        4.1主题检索在PubMed主页的提问框中键入英文单词或短语(大写或小写均可)后回车或点击“Go”,PubMed即时用词汇自动转换功能进行检索,并将检索结果直接显示在主
        页下方。例如:键入“liver cancer operation”后回车或点击“Go”,PubMed开始检索并将检索结果显示出来。如果检索结果不符合要求,可以在提问框中增加或删除词语,或者在Details状态下来修改检索式,也可使用Limits选择限定条件后再进行检索。此外,用户可根据需要使用通配符“*”或双引号进行截词检索或强制检索。为提高文献检出的准确率,推荐使用主题词检索,例如需检索哮喘的药物治疗方面的文章,可先在开始菜单中选择MesH Database,输入检索词,但此外不能输入有运算符的语句,如“asthma AND therapy”,在MesH菜单中选择规范的主题词,“Asthma”,根据检索需要,再选择相应的副主题词“drug therapy”在search PubMed中形成“Asthma/drugtherapy[MesH]”的检索式,执行检索。4.2着者检索在提问框中键入着者姓氏全称和名字的首字母缩写,格式为:着者姓空格名字首字母缩写,例如smity ja,然后回车或点击Go,系统会自动到着者字段去检索,并显示检索结果。如果在录入了着者的姓氏,系统将首先在MeSH转换表中查找该着者的姓。查到后,系统检索主题字段和题名与文摘字段,否则,系统将在全部字段中检索。如果在着者姓名前后使用双引号,并用着者字段标识——[au]加以限定,如“smithja”[au],系统只检索着者字段[1-3]。
        4.3刊名检索在提问框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号,例如:J child Psychol Psychiatry,或0021-9630,然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索,并显示检索结果。
        4.4高级检索功能为了得到更为准确的检索结果,用户可充分利用PubMed所提供的高级检索功能。在PubMed首页检索框下,系统提供了5个功能按钮通过利用这5个功能,能够使用户的检索更为高效。
        4.4.1Limits功能有如下限制检索功能:将检索范围限制在某个作者范围;将检索范围限制在某个期刊;设定搜索包含全文、免费全文、文摘的论文;将检索范围限制在出版、收录的某时间段;将搜索范围限定在特定的性别组、年龄组;将搜索范围限定在人类或动物学;将检索范围进行子集限制;对论文类型进行限定。
        4.4.2Preview/Index功能①预览检索结果数量在检索框中输入检索词后,点击后,用户能够得到该检索词检索结果数量,如需缩小检索范围可在此基础上在检索框中继续添加检索词,点击,能够再次得到新的检索词的检索结果数量,通过该功能用户可以根据需要来调整检索策略;②字段限制在页面下端的检索界面中,从下拉菜单中选择检索字段,在检索框中输入检索词,根据检索需要,点击布尔逻辑运算符添加到检索词中进行再限制检索,其目的能够缩小检索范围,使用户能够快速地找到需要检索的文章,最后点击进行检索结果预览;③Index选词功能在检索框中输入检索词,点击,系统显示词表,并显示该检索词检索结果数量,在词表中选择检索词,选择布尔逻辑算符,选中的检索词将出现在页面上方检索框,并按选中布尔逻辑运算符进行运算。
        4.4.3History功能History功能中保留着所有的查询方案与查询结果。History界面能够为用户提供历史中的检索方案、检索时间以及检索结果。与Preview/Indea功能中的预览功能不同,预览功能只能显示最近检索的三条记录,而History功能能够为用户提供最近的100条检索记录。需要注意的是当检索记录超过100条时,系统将会依次将最早的记录删除。点击,系统将删除History功能及Preview/Index功能中保留的记录。
        4.4.4Clipboard剪切板功能剪切板功能能够为用户提供暂时保存检索论文的服务,将论文添加到剪切板后用户能够采用打印或保存等方式对剪切板中保存的检索论文进行处理。剪切板能够同时保存最多500条记录,当8h内用户没有任何操作,保存将会自动删除。
        4.4.5Details功能Details功能用于用户查看检索策略。在QueryTranslation框内显示了用户在检索框中输入检索词检索,系统实际所采用的检索策略。在QueryTranslation框下依次为Result、Translations、Database以及UserQuery4部分。Result显示了检索结果总条数,点击该数字可回到检索结果界面。Translation显示检索框中检索词在实际检索中所转换的检索式。Database显示进行检索的数据库。UserQuery显示了用户检索时在检索框中所输入的检索词[4,5]。
        5检索技巧
        5.1多项单词逻辑组合检索PubMed支持布尔逻辑算符“AND”、“OR”、“NOT”进行再限制检索,其目的能够缩小检索范围,使用户能够快速地找到需要检索的文章。
        5.2截词检索截词符号为“*”,表示0至多个字符,如检索词为“gene*”,PubMed可将以gene开头的,但结尾不尽一样的所有单词为检索词的文章检索出来。此外,也可将截词符号“*”放在某一单词的中间或其它部位进行检索。截词检索方法有利于不同写法的字或词的论文检索或者是当用户对某一医学词的写法拿不准时时行论文检索。
        5.3短词检索对需要以词组形式出现的2个或2个以上的检索词,为保证系统不执行检索词自动转换功能,这就需要在检索词组上加双引号,从而将双引号内的词组作为一个整体进行论文检索。

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